In diesem Fall kannst Du die doppelte Zahlung einfach als "privat" markieren, dann ist sie für die Buchhaltung nicht mehr relevant. Eine andere Lösung wäre die Erstellung eines Verrechnungskontos.

Gehe dazu auf "Banking" und wähle in der Drop-Down-Liste "Bankkonto hinzufügen > Manuelles Konto anlegen" aus.
Du buchst nun alle zum Sachverhalt zugehörigen Vorgänge auf dieses Konto. Im Anhang habe ich dir ein Beispiel eingefügt:

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